Nouvelle espèce de trématode parasite dans les truites suisses

On pense souvent que les nouvelles espèces ne se trouvent que dans des endroits reculés des tropiques, loin des traces des explorateurs précédents. Bien que cela soit en partie vrai et que les tropiques abritent une diversité d’espèces encore inconnue d’organismes vivants (voir l’article « What we know and don’t know about Earth’s missing biodiversity » par Scheffers et al., 2012 (payant)) de nombreuses espèces attendent encore leur découverte à un pas seulement de notre porte, même en Suisse.

Comment est-ce possible ?

Eh bien, de nombreux organismes appartenant à des espèces distinctes que les scientifiques appellent « cryptiques ». Ils peuvent ressembler énormément à des espèces déjà décrites (connues) et rester ainsi à l’ombre de leurs fratries pendant longtemps. C’est souvent le cas pour les organismes qui m’intéressent : les trématodes, également connus sous le nom de vers plats. Pourquoi? Parce qu’ils sont discrets : ce sont des parasites qui vivent à l’intérieur d’autres animaux, bien cachés (par exemple dans une baleine ou un martin-pêcheur) qui les nourrissent et leur servent de maison. Ils sont petits et mous. Ces caractéristiques les rendent souvent à la fois peu étudiés et difficiles à étudier. Pourtant, ce sont des créatures fascinantes !

 

Une nouvelle espèce ?

Grâce à son enthousiasme pour les parasites des poissons, Eloïse Rochat (étudiante de Master au Muséum et UniGE) a vraisemblablement découvert une nouvelle espèce de trématode infectant un poisson connu dans le monde entier : la truite fario (Salmo trutta Linnaeus, 1758). Malgré plus de 400 études menées sur les parasites de cette truite, nous venons de découvrir une espèce encore inconnue au cœur de l’Europe, en Suisse. Dans son étude, Eloïse a examiné la communauté de parasites métazoaires infectant les truites juvéniles des cours d’eau se déversant dans le Lac de Lucerne pour déterminer l’influence de deux variables écologiques sur la composition de la communauté parasitaire : la source d’eau et la migration des truites. Afin de confirmer l’identification morphologique des espèces trouvées, Eloïse a effectué des analyses d’ADN de quelques spécimens de chaque espèce de parasite.

Après extraction de l’ADN des échantillons et amplification d’un gène souvent utilisé par les biologistes intéressés par ces animaux, Eloïse a comparé les séquences de nos spécimens du genre Crepidostomum Braun, 1900 à un alignement avec des séquences de plusieurs espèces appartenant à ce genre de trématodes, parmi lesquelles Crepidostomum farionis et Crepidostomum metoecus, deux espèces connues pour infecter la truite et d’autres salmonidés en Europe. Les résultats d’Eloïse étaient clairs. Nos vers ne font partie d’aucune des deux espèces déjà connues, qui étaient jusqu’à aujourd’hui les seules familières infectant la truite. Les spécimens qu’Eloïse a trouvé peuvent donc représenter une nouvelle espèce pour la science !

D’autres questions se posent maintenant. Est-ce que cette espèce est présente dans d’autres salmonidés ? Ou quelles espèces de Crepidostomum retrouvons nous sur la féra, un autre salmonidé suisse ? Personne n’a jamais examiné l’ADN de ces parasites. Grâce à notre projet financé par le Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique sur la spéciation des parasites des féras dans les lacs suisses et norvégiens intitulé « Parasite radiations: Domino effect of host radiations? » nous aurons bientôt la réponse à ces questions.

Et après ? …

Crepisdostomum sp. (sp. signifie espèce non précisée) doit être décrit et nommé avant que la communauté scientifique ne puisse reconnaître son existence.

1. Étape 1, nous allons faire des préparations microscopiques de Crepidostomum sp. et les examiner très soigneusement au microscope pour décrire la morphologie des spécimens.
2. Étape 2, nous comparerons la variation trouvée dans les caractères morphologiques de ces spécimens avec toutes les autres espèces de Crepidostomum connues à ce jour afin de trouver des différences morphologiques maintenues au niveau de l’espèce. Pour cela nous chercherons dans les collections du Muséum Genève et dans d’autres muséums de Suisse et d’Europe, les spécimens de référence des espèces les plus semblables. Ces différences nous serviront à établir un descriptif de l’espèce (une diagnose) qui nous permettra de la distinguer de toutes les autres espèces de Crepidostomum connues jusqu’à présent.
3. Étape 3, nous publierons la description morphologique de cette nouvelle espèce dans une revue scientifique spécialisée, accompagnée des données moléculaires déjà obtenues et d’analyses phylogénétiques (c’est comme cela qu’on appelle l’étude de la généalogie des espèces) qui permettront de la distinguer de toutes les autres espèces du même genre et d’établir sa relation de parenté avec les autres.
4. Étape 4, nous déposerons les spécimens que nous aurons utilisé pour décrire l’espèce dans la collection de notre muséum. Ces spécimens sont le véritable trésor du musée ! Ils servent de mètre étalon à l’espèce, en particulier l’holotype, qui est à tout jamais le spécimen porteur du nom de l’espèce.

L’une des raison d’existence des muséums est de préserver les collections naturelles représentant la diversité animale, vivante et fossile et faisant partie du patrimoine mondial.